Grace à sa situation dans la vallée de l’Essonne et les plateaux calcaires du gâtinais, Nanteau possède un territoire d’une richesse exceptionnelle, en termes d’habitats naturels, de flore et de faune.

 La commune dévoile ses charmes au rythme des saisons : le charme de son bourg typique, de ses bois, des marais, d’un plateau agricole, de chaos gréseux, de vallées sèches avec la flore et la faune qui leurs sont attachées.

Dans ce cadre, la protection de la biodiversité est une préoccupation importante de la commune, avec l'aide du PNR.
Cela a conduit, entre autres, au classement d’une grande partie de la commune au sein du site classé de la Haute Vallée de l’Essonne au titre de la protection des patrimoines, et d’une petite partie de son territoire en site Natura 2000. 
L’ensemble de la commune est en zone classée (ZNIEFF) et plusieurs espaces sont référencés NATURA 2000. site : Natura2000

La Haute-vallée de l’Essonne recèle une richesse de biodiversité exceptionnelle. Elle regroupe les communes de Boigneville, Buno-Bonnevaux, Prunay-sur-Essonne, Buthiers et Nanteau-sur-Essonne
Le site est une combinaison de plusieurs milieux très différents : des marais, des forêts humides composées de mélanges d’aulnes et de frênes le long de l’Essonne, des pelouses calcaires et des landes à genévriers, constituent des milieux secs présents sur les coteaux avoisinants.
Le PNR pour mission de recenser et protéger cette biodiversité.

 
Pour aller plus loin :
Mission Biodiversité - Parc naturel régional du Gâtinais français (parc-gatinais-francais.fr)

Le site accueille aussi quatre espèces animales pour lesquelles les actions de protection sont prioritaires :

les vertigos Angustior et de Des Moulins (petit escargot de quelques millimètres),

le lucane cerf-volant (coléoptère protégé au niveau national) et

un papillon bien particulier et facilement reconnaissable : l’écaille chinée.

La Chargée de mission du Parc qui anime cette zone sensibilise les propriétaires de ces terrains, pour que les activités pratiquées soient bénéfiques aux milieux : les fauches doivent être faites en dehors des périodes de reproductions (après juillet), les arbustes et arbrisseaux devraient être enlevés dans certains secteurs pour conserver un habitat favorable et ouvert…
C’est important, car le vertigo, par exemple, se reproduit et vit sur les plantes des marais : très fragile, il est aussi un bon indicateur de pollution. S’il prolifère, c’est que le milieu est en bon état,Plusieurs espèces protégées ont été identifiées en particulier des espèces rares de Chauve-souris et un tout petit (1 à 2 mm) escargot vivant dans les zones humides de l’Essonne le vertigo.

D'autre part, 9 espèces de chauve-souris ont été recensées à Nanteau dont 3 espèces rares. Pour rappel, toutes les espèces de chauves-souris sont protégées par l’arrêté ministériel du 17 avril 1981.